Новый анализ крови выявляет патогены при подозрении на сепсис

Диагностический тест, который может точно идентифицировать причину сепсиса, важен для определения наиболее эффективной и подходящей антимикробной терапии; однако возбудитель инфекции не всегда идентифицируется в большом числе случаев сепсиса.

Сепсис является основной причиной смерти и может быть вызван широким спектром потенциальных возбудителей. До 40% случаев не дают возможности идентифицировать причинный патоген. В настоящее время существует потребность в улучшенных диагностических тестах, которые могут точно определять степень распространения потенциальных патогенов для информирования об эффективной антимикробной терапии.

Ученые из Медицинского центра Стэнфордского университета (Стэнфорд, штат Калифорния, США) зарегистрировали проспективную группу пациентов, поступивших в больницу с признаками и симптомами сепсиса. Образцы плазмы собирали для тестирования методики секвенирования нового поколения (СНП) во время начального посева культуры крови. Извлеченную плазмидную бесклеточную ДНК секвенировали, удаляли последовательности оснований в человеческих ДНК и оставшиеся считываемые фрагменты согласовывали в соответствии с базой данных по возбудителям, включающей сведения о вирусах, бактериях и эукариотических патогенах. Была оценена относительная численность и выявлены патогены, имеющие высокую статистическую значимость. Результаты СНП сравнивались с составным эталонным стандартом всех микробиологических тестов, проводимых в течение семи дней после приема в больницу, и клинического диагноза.

Команда использовала Karius Plasma Next-Generation Sequencing Test for Pathogen Detection in Sepsis для выявления патогенов в образцах от 286 пациентов. Анализ плазмы с помощью СНП выявил потенциальных возбудителей у 172/286 (60,1%) субъектов с сепсисом, включая ДНК-вирусы, бактерии (также микроорганизмы со сложными питательными потребностями/не поддающиеся культивированию бактерии, такие как Mycobacterium tuberculosis) и грибки. Напротив, у 15,7% (45/286) пациентов была положительная исходная культура крови, а 38,1% (109/286) имели потенциальную инфекционную этиологию, идентифицированную с использованием комбинированного лабораторного микробиологического стандарта. Анализ СНП плазмы имел совпадение положительных результатов 39/45 (86,7%) и 78/98 (79,5%) по сравнению с исходной культурой крови (после исключения контаминантов) и комбинированным эталонным лабораторным стандартом.

Авторы пришли к выводу, что при однократном заборе крови анализ СНП плазмы Karius выявлял широкий спектр патогенов у септических пациентов в три раза чаще, чем культуры крови, и чаще, чем все комбинированные микробиологические тесты. Этот плазменный СНП-тест способен идентифицировать вирусы, бактерии и эукариотические патогены, которые могут предоставить ценную информацию, чтобы помочь клиницистам лучше нацелить антимикробную терапию на пациентов с сепсисом. Исследование было представлено на ежегодном собрании Общества инфекционных заболеваний Америки (IDSA), которое проводилось 4-8 октября 2017 года в Сан-Диего, штат Калифорния, США.